สมเด็จพระพุฒาจารย์ เกิดในสมัยรัชกาลที่ 1 (หลังสร้างกรุงรัตนโกสินทร์ได้แล้ว 7 ปี) ณ บ้านไก่จ้น (ท่าหลวง) อำเภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เมื่อวันพฤหัสบดี เดือน 5 ขึ้น 12 ค่ำ ปีวอก จุลศักราช 1150 เวลาพระบิณฑบาต (ตรงกับวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2331) ที่บ้านท่าหลวง อำเภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา มารดาบิดาของท่านเป็นใครไม่ทราบแน่ชัด มีผู้กล่าวประวัติของท่านในส่วนนี้แตกต่างกันไปหลายสำนวน เช่น ฉบับของพระยาทิพโกษา กล่าวว่า มารดาของท่านชื่อนางงุด บุตรของนายผลกับนางลา ชาวนาเมืองกำแพงเพชร1 หรือฉบับของพระครูกัลยาณานุกูล (เฮง อิฏฐาจาโร) กล่าวว่า มารดาของท่านชื่อเกตุ คนท่าอิฐ อำเภอบางโพ อย่างไรก็ดีมารดาของท่านนั้นเป็นชาวเมืองเหนือ (คำเรียกในสมัยอยุธยา) 2 เพราะทุกแหล่งอ้างอิงกล่าวตรงกันว่ามารดาของท่านเป็นชาวเมืองเหนือแต่ได้ลงมาทำมาหากินแถบภาคกลางในช่วงหลัง3 สำหรับบิดาของท่านนั้น สำนวนของพระยาทิพโกษา กล่าวว่าท่านเป็นโอรสนอกเศวตฉัตรของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ครั้งทรงพระยศเป็น เจ้าพระยาจักรี ส่วนฉบับของพระครูกัลยาณานุกูล และฉบับของตรียัมปวายกล่าวว่าท่านเป็นพระโอรสของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และแม้ในสำนวนของตรียัมปวายจะมีข้อสันนิษฐานเพื่อยืนยันหลายข้อ แต่อย่างไรก็ตาม ประวัติทั้งสองสำนวนกล่าวตรงกันเพียงว่า ข้อสันนิษฐานว่าด้วยบิดาของท่านนั้นเป็นเพียงเรื่องเล่าซึ่งชาวบ้านในสมัยนั้นกล่าวและเชื่อกันโดยทั่วไป เมื่อถึงวัยพอสมควรแล้ว ได้บรรพชาเป็นสามเณรในพระพุทธศาสนา เมื่อ พ.ศ. 2343 ต่อมาปรากฏว่าพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงโปรดและเมตตาสามเณรโตเป็นอย่างยิ่ง